《虫蚀姬》的故事，是从以小说家为目标的大学生田中爱在招募网站上认识的女性山口美羽做室友开始的。在一起生活的过程中，爱对美羽产生了不协调的感觉。另外在别的地方，发生了脸和指纹被执拗破坏的尸体被发现的事件，城市里漂浮着不稳的空气。