宇宙世纪0096──在「夏亚之乱」三年后，住在工业殖民卫星的平凡少年巴纳吉．林克斯，因为与神秘少女奥黛莉．伯恩的意外相逢，而被卷入一连串围绕着「拉普拉斯之盒」的事件。这个随着宇宙世纪开辟而诞生的「盒子」，据称一经开启将导致联邦政府终结……

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