擁有預知能力的魔法少女織莉子預見到最惡最強魔女的誕生…魔法少女佐倉杏子遇到了父母雙亡的可憐小女孩由真，遂把她帶在身邊照顧，由真也想成爲魔法少女，丘比現身慫勇由真，但被杏子阻止。在織莉子的欺騙下，由真以爲杏子戰死，遂與丘比訂契約變成魔法少女…有魔法少女在殺害自己人，巴麻美開始調查，後來遇到了真兇．黑色魔法少女希裡華…

在和时候不一样的时间轴的她们——